Bonjour,
Pour reprendre les questions du sujet, à savoir "la religion est-elle une philosophie ? La philosophie s'oppose-t-elle à la religion ?" je répondrais ce qui suit.

Déjà je vais définir ce qu'est la philosophie. Le TLFI en donne des définitions très variées (qu'elle soit naturelle, générale et co). On trouve :
TLFI a écrit:
(définition générale) : Toute connaissance rationnelle quel que soit son objet ; système général des connaissances humaines.
(philosophie naturelle) : Ensemble des disciplines qui ont pour objet le monde matériel.
(Suivie d'un adj. ou d'un compl. déterminatif) : Conception, système propre à un auteur, une école, un pays, une époque ; ensemble des systèmes philosophiques propres à une civilisation, une culture.

Sachant qu'étymologiquement parlant la philosophie est l'art d'aimer la sagesse...
Donc tout dépend du domaine dont on parle. Si je prends la définition première, sachant que rationnel signifie "qui raisonne avec justesse, agit méthodiquement", je pense que la réponse dépend des individus représentant la religion plus que d'elle-même. En effet, Descartes dans ses Méditations métaphysiques arrive à prouver l'existence d'un dieu. Toutefois cette démonstration est-elle raisonnée ? Méthodique ? 
Descartes, Méditations III a écrit:
La première de ces raisons est qu’il me semble que cela m’est enseigné par la nature ; et la seconde, que j’expérimente en moi- même que ces idées ne dépendent point de ma volonté ; car souvent elles se présentent à moi malgré moi, comme maintenant, soit que je le veuille, soit que je ne le veuille pas, je sens de la chaleur, et pour cette cause je me persuade que ce sentiment ou bien cette idée de la chaleur est produite en moi par une chose différente de moi, à savoir par la chaleur du feu auprès duquel je me rencontre. Et je ne vois rien qui me semble plus raisonnable, que de juger que cette chose étrangère envoie et imprime en moi sa ressemblance plutôt qu’aucune autre chose.
[...]
Partant il ne reste que la seule idée de Dieu, dans laquelle il faut considérer s’il y a quelque chose qui n’ait pu venir de moi-même. Par le nom de Dieu j’entends une substance infinie, éternelle, immuable, indépendante, toute connaissante, toute-puissante, et par laquelle moi-même, et toutes les autres choses qui sont (s’il est vrai qu’il y en ait qui existent) ont été créées et produites. Or ces avantages sont si grands et si éminents, que plus attentivement je les considère, et moins je me persuade que l’idée que j’en ai puisse tirer son origine de moi seul. Et par conséquent il faut nécessairement conclure de tout ce que j’ai dit auparavant, que Dieu existe. Car, encore que l’idée de la substance soit en moi, de cela même que je suis une substance, je n’aurais pas néanmoins l’idée d’une substance infinie, moi qui suis un être fini, si elle n’avait été mise en moi par quelque substance qui fût véritablement infinie.

(j'espère avoir donné l'essentiel du raisonnement bien qu'il soit difficile de faire un choix, lire la méditation en entier est préférable).
Et qu'en est-il de Platon dans son Banquet quand Aristophane prend la parole et explique la forme des hommes par la volonté divine (mythe de l'androgyne) ? Est-ce rationnel ?
Platon, Le Banquet a écrit:
En second lieu, tous les hommes présentaient la forme ronde ; ils avaient le dos et les côtes rangés en cercle, quatre bras, quatre jambes, deux visages attachés à un cou rond, et parfaitement semblables ; une seule tête qui réunissait ces deux visages opposés l'un à l'autre ; quatre oreilles, deux sexes, et le reste dans la même proportion. Ils marchaient adoptant une station droite, comme nous, et sans avoir besoin de se tourner pour prendre tous les chemins qu'ils voulaient. Quand ils voulaient aller plus vite, ils s'appuyaient successivement sur leurs huit membres, et s'avançaient rapidement par un mouvement circulaire, comme ceux qui, les pieds en l'air, font la roue. 
La différence qui se trouve entre ces trois espèces d'hommes vient de la différence de leurs principes. Le sexe masculin est produit par le soleil, le féminin par la terre ; et celui qui est composé des deux autres par la lune, qui participe de la terre et du soleil. Ils tenaient de ces principes leur forme et leur manière de se mouvoir, qui est sphérique. Leurs corps étaient robustes et vigoureux et leurs courages élevés ; ce qui leur inspira l'audace de monter jusqu'au ciel et de combattre contre les dieux, ainsi qu'Homère l'écrit d'Ephialtès et d'Otus.
C’est alors que Zeus examina avec les dieux le parti qu'il fallait prendre. L'affaire n'était pas sans difficulté : les dieux ne voulaient pas anéantir les hommes, comme autrefois les géants, en les foudroyant, car alors le culte et les sacrifices que les hommes leur offraient auraient disparu ; mais, d'un autre côté, ils ne pouvaient supporter une telle insolence. Enfin, après de longues réflexions, Zeus s'exprima en ces termes : «Je crois avoir trouvé, dit-il, un moyen de conserver les hommes et de les rendre plus retenus, c'est de diminuer leurs forces. Je les séparerai en deux : par là, ils deviendront faibles ; et nous aurons encore un autre avantage, ce sera d'augmenter le nombre de ceux qui nous servent : ils marcheront droits, soutenus de deux jambes seulement ; et si, après cette punition, ils conservent leur audace impie et ne veulent pas rester en repos, je les séparerai de nouveau, et ils seront réduits à marcher sur un seul pied, comme ceux qui dansent sur des outres à la fête de Bacchus ».

On remarque cependant que la religion se prête à la philosophie, et que par conséquent elle ne s'y oppose pas. Les deux cohabitent (deuxième question).
Avec la définition de "philosophie naturelle" on voit tout de suite que la religion n'en fait pas partie car son objet n'est pas le monde matériel (j'espère ne pas porter de jugement trop hâtif).
Pour la troisième proposition, on remarque que la définition peut s’accommoder de la religion car c'est une conception propre à un groupe d'individus appelés croyants.
Pour la définition étymologique, il faut déterminer si la religion est un art d'aimer la sagesse. Si l'on part du postulat que Dieu représente la sagesse et que les croyants l'adulent, alors oui (j'ai bien mis le "si" en gras, au début de ma phrase).
J'espère ne pas dire n'importe quoi et apporter des éléments pertinents.
Bonne journée